Il Fondo Comuni confinanti è stato creato per finanziare progetti che interessano i territori di confine delle regioni Lombardia e Veneto con le province autonome e favorire uno sviluppo coeso fra i territori. Si tratta complessivamente di 48 Comuni, di cui 42 confinanti con la Provincia di Trento e 6 con la Provincia di Bolzano. In Lombardia sono interessati territori delle Province di Sondrio e Brescia, in Veneto enti locali delle Province di Verona, Vicenza e Belluno.
In base a quanto previsto dalla legge finanziaria 2010 le due Province autonome "concorrono agli obiettivi di perequazione e solidarietà" assicurando ciascuna un intervento finanziario di 40 milioni all'anno, che vengono ripartiti secondo percentuali e criteri prestabiliti. Per fare due esempi, agli enti locali della provincia di Belluno è accordato il 46% delle risorse (36,4 milioni all'anno), e a quelli della provincia di Sondio l'11% (8,7). Sono previsti progetti di carattere locale e di "area vasta" che perseguano tre obiettivi strategici come la valorizzazione dei territori, lo sviluppo economico e sociale e la coesione dei territori in ambiti come la mobilità, il turismo, lo sviluppo digitale, la sanità, l'istruzione, la tutela del territorio, il risparmio energetico, la valorizzazione delle risorse naturali e culturali.
Nei primi sei anni di esistenza del fondo, che si è dotato di una segreteria, di uno sportello dedicato e due sportelli decentrati nelle province di Belluno e Sondrio, sono stati messi in cantiere 372 progetti, 117 in Lombardia e 255 in Veneto. Fra questi sono previsti uno studio preliminare per la realizzazione di un traforo dello Stelvio, un piano triennale di investimenti del Parco nazionale dello Stelvio in Lombardia (circa 12 milioni complessivi), un collegamento tra i comuni lombardi di Valvestino e Magasa e le valli Giudicarie (32 milioni), una ciclabile sul Garda bresciano (10 milioni), il completamento del progetto di collegamento sciistico Comelico-Alta Pusteria (26 milioni stanziati attraverso il fondo, circa 44 milioni l'investimento complessivo), lo studio di fattibilità del Treno delle Dolomiti-Ferrovia Bellunese, un sostegno alla domanda per l'accesso alla banda larga nelle aree di confine tra Trento e Bolzano, un piano di marketing territoriale delle Dolomiti, la realizzazione del collegamento funiviario Cortina-5 torri (18 milioni del fondo su un totale di 24,2).