Le farmacie che decideranno di aderire a questa sperimentazione dovranno inviare una comunicazione preventiva all’Azienda sanitaria, dichiarando di rispettare tutti i requisiti previsti dalla normativa nazionale e dall'accordo di settore. L’Azienda sanitaria si occuperà poi di verificare il possesso di tali requisiti tramite controlli a campione.
Il ruolo del farmacista rimane centrale per la sicurezza delle persone. Sarà il professionista in farmacia, prima della somministrazione, a verificare l'idoneità o l'inidoneità del soggetto alla vaccinazione. A tal fine, saranno utilizzati i moduli standard di triage vaccinale e di consenso informato predisposti direttamente dall’Azienda provinciale per i servizi sanitari.
Inoltre, per garantire la tracciabilità e la piena integrazione dei dati sanitari, tutte le vaccinazioni effettuate nelle farmacie saranno registrate nell'Anagrafe Vaccinale Nazionale, seguendo le specifiche modalità individuate dall'Azienda sanitaria nel rispetto della normativa sulla protezione dei dati personali.
Le categorie di soggetti considerati "fragili" (come gli over 65), ricevono la vaccinazione antinfluenzale gratuitamente, essa viene garantita, come di consueto, presso i centri vaccinali dell'Azienda sanitaria, dai Medici di medicina generale e dai Pediatri di libera scelta.